ЕУКАРІОТИ — домен одноклітинних, колоніальних і багатоклітинних організмів, що характеризуються наявністю ядра та мембранних органел. Основні ознаки еукаріотів: Наявність ядра й досконалішої системи регуляції геному. Наявність хромосом, що складаються з лінійної макромолекули ДНК та білків-гістонів. Мозаїчний принцип організації білкових генів.
4. Двошаровість клітинних мембран.5. Наявність органел із власним генетичним апаратом — мітохондрій та пластид.6. Складна структура джгутиків.7. Наявність ендоцитозу — транспортування речовин у клітину з утворенням мембранних міхурців — везикул.8. Складніші реакції та процеси життєдіяльності (процесинг, кросинговер, мітоз й мейоз).
Основні етапи виникнення еукаріотів1. Утворення в прокаріотичної клітини внутрішніх впинань клітинної мембрани, що привели до утворення ядра, ЕПС, комплексу Гольджі, травних вакуолей, лізосом.2. Завдяки горизонтальному перенесенню генів у примітивних еукаріотів формуються мікротрубочки та виникають цитоскелет, джгутики, веретено поділу.
Екскавати — група найдавніших й найпримітивніших еукаріотичних одноклітинних організмів. Найзагальнішими ознаками є: ротова борозна, через яку поглинається їжа; кількість джгутиків, як правило, більш ніж два; мітохондрії спрощені або з дископодібними кристами (евглени, лейшманії, трипаносоми, трихонімфи).
Діафоретики — одноклітинні, колоніальні та багатоклітинні організми, в яких упродовж життєвого циклу є клітини з двома джгутиками. Найвідоміші представники групи: Рослини, Зелені водорості, Глаукофітові водорості, Червоні водорості, Бурі водорості, Форамініфери, Радіолярії, Споровики.