При вивченні вірусів та їх походження виникає багато труднощів, бо вони майже не залишили за собою слідів у формі відбитків чи якихось скупчення речовин. Однак існує кілька гіпотез про їх походження. Одна із них стверджує, що це давні внутрішньоклітинні паразитичні організми, які зазнали спрощення в будові. Ця гіпотеза отримала назву:
1. Гіпотеза "оскаженілих генів"
2. Гіпотеза регресивної еволюції
3. Гіпотеза самозародження
4. Гіпотеза виникнення з доклітинних форм