Роль вірусів у виникненні ДНК-геномів Існує гіпотеза про те, що віруси першими в еволюції використали ДНК для перенесення спадкової інформації. Ця гіпотеза ґрунтується на припущенні, що спочатку всі живі системи використовували тільки РНК для збереження і реалізації спадкової інформації. Найдавніші віруси також були РНК- вмісними. Але згодом вони змінили РНК на ДНК, щоб уникнути дії захисних систем клітин, які знищували молекули вірусної РНК.
В еволюції віруси є важливим «засобом» горизонтального перенесення генів, що забезпечує генетичне різноманіття організмів. Горизонтальне перенесення генів - процес, за якого генетична інформація передається не від батьків до нащадків, а міжнеспорідненими організмами, які іноді належать навіть до різних біологічних видів. Фрагменти ДНК вірусів, які заражувализалишки вірусів є суттєвими елементами геномів сучасних організмів. У людини й ссавців вони складають до половини всіх послідовностей ДНК.
Вірусне походження клітинного ядра 2001 року була запропонована гіпотеза вірусного походження клітинного ядра, згідно з якою ядро сучасних еукаріотів є давнім вірусом, «осілим» у без’ядерній клітині. Гіпотеза моделі еволюції еукаріотів, у якій вірус, схожий із сучасним вірусом віспи, розвинувся в клітинне ядро. Поступово цей вірус став основним сховищем інформації в клітинці, яка зберегла здатність до трансляції генів і життєздатності.