Основним завданням селекційної роботи з мікроорганізмами є: Методи селекції широко застосовуються, щоб одержати найпродуктивніші форми мікроорганізмів. За допомогою методів добору вчені виділяли штами мікроорганізмів, які були активними синтезаторами того або іншого продукту, використовуваного людиною. Це можуть бути антибіотики, вітаміни й інші речовини.
Трансформація. Трансформація — генетична модифікація клітини шляхом введення і подальшої експресії в ній чужорідного генетичного матеріалу (ДНК). Зараз це загальна лабораторна процедура в молекулярнії біологіії. У 1944 році ефект був вперше продемонстрований Освальдом Авері, Коліном Маклеодом і Макліном Маккарті, які провели переніс гена до бактерії Streptococcus pneumoniae. Авері, Маклеод і Маккарті назвали такий переніс ДНК і, як наслідок, експресію перенесених генів трансформацією.
Явище трансдукції було відкрите американськими вченими Джошуа Ледербергом і Нортоном Циндером у 1952 році, під час вивчення бактерії Salmonella typhimurium та її паразита фага P22. Явище загальної трансдукції використовують для картування геномів бактерій, а також у генній інженерії.
Метод злиття протопластів. У перше метод злиття протопластів з метою одержання рекомбінантних ДНК був застосований на клітинних культурах близько 30 років тому. Пізніше цей метод генетичної рекомбінації було апробовано і на бактеріях, в основному грампозитивних (Streptococcus. Bacillus). Суть методу полягає у тому, що з батьківських клітин отримують протопласти, індукують їх злиття обробленням поліетиленгліколем. Із протопластів, які злилися, у певних експериментальних умовах регенерували морфологічно повноцінні клітини (з клітинною стінкою), з яких одержувались стабільні рекомбінанти, що мали деякі ознаки обох батьківських клітин.
Ступінчастий відбір (відбір випадкових мутацій)Метод застосовується в тих випадках, коли немає відомостей про шляхи синтезу бажаного продукту і його регуляції. Метод складається з кількох етапів (ступінчастий відбір із застосуванням мутагенів). З кожного досліду відсівають не менше 100 колоній без вибору. Значення рівнів продукції варіантів після обробки мутагенів виражають у відсотках до рівня продукції вихідної культури і розподіляють в варіаційному ряду.