Антропічний вплив на гідросферу. У сучасних умовах постійно збільшується потреба у воді. Водночас відбувається погіршення якості води й водних джерел та зменшення можливостей їх використання. Особливо гострою є проблема забезпечення людства достатньою кількістю прісної води. Однією з причин такої ситуації є забруднення водойм.
Хімічне забрудненнявиникає внаслідок надходження у водойми шкідливих домішок зі стічними водами. Домішки бувають неорганічної (кислоти, мінеральні солі, луги тощо) й органічної природи (нафта й нафтопродукти, органічні сполуки, поверхнево активні речовини, мийні засоби, пестициди тощо). Поміж них найпоширеніші сполуки Арсену, Плюмбуму, Меркурію, Купруму, Хрому, Флуору тощо. Вони є отруйними для мешканців водойм, бо, поглинаючись рослинами й фітопланктоном, передаються далі трофічними ланцюгами. Це спричинює накопичення та підвищення вмісту шкідливих сполук у кожній наступній ланці.
Хімічне забруднення. Стічні води, що містять розчинні органічні речовини або суспензії органічного походження, сприяють зниженню вмісту О2 у воді, спричинюючи явище цвітіння води. Також зниженню вмісту кисню у воді сприяє нафта й нафтопродукти, які утворюють на поверхні води плівку. Органічні суспензії, осідаючи на дно водойм, припиняють життєдіяльність мікроорганізмів, що беруть участь у самоочищенні екосистем.
Об'єкти енергетичного комплексу не поступаються за кількістю стічних вод. Зокрема, ТЕС спускають у водойми підігріту воду, яка змінює термічні режими водойм, АЕС створюють ризик радіаційного забруднення, ГЕС призводять до застою води у водосховищах і, як наслідок, до накопичення промислових забруднень і цвітіння води .
Можна вирізнити такі принципи оцінювання екологічного стану водойм:комплексне вивчення чинників існування водойми, зокрема гідрологічних і гідрохімічних показників басейну водної системи, природно-кліматичних особливостей, продуктів взаємодії забруднювальних речовин у різних хімічних і біохімічних реакціях, які відбуваються у водному середовищі, тощо;реалізація екосистемного підходу з урахуванням трофічних рівнів екосистеми;урахування двох критеріїв оцінювання стану водойми: гранично допустимих концентрацій (ГДК) і впливу на гомеостаз водної екосистеми.
Тому значні перспективи в застосуванні мають біологічні методи моніторингу стану гідросфери, які ґрунтуються на використанні біологічних об'єктів та оцінюванні реакції організмів або клітин на вплив забруднювальних чинників водного середовища. Ступінь забруднення водних об'єктів оцінюють за присутністю (або відсутністю) організмів-індикаторів, виходячи з порівняння видового різноманіття, чисельності та біомаси населення забруднених і чистих зон. У разі такого порівняння користуються абсолютними величинами й індексами видового різноманіття.
До основних напрямів біологічного моніторингу належать біоіндикація (спосіб інтегральної оцінки якості середовища за реакцією на нього живих організмів-біоіндикаторів або їхніх спільнот) біотестування (використання в контрольованих умовах біологічних об'єктів для виявлення й оцінювання дії чинників навколишнього середовища (у тому числі й токсичних) на організм, його окрему функцію або систему організмів
Також охорона водойм передбачає припинення ерозійних процесів на водозборах, дотримання вимог щодо зберігання та внесення в ґрунт мінеральних добрив і пестицидів, відтворення лісів і чагарників уздовж берегів. Для отримання інформації щодо стану водних об'єктів постійно здійснюють моніторинг
Охорона природних вод потребує зусиль усієї людської спільноти, які регулюються на законодавчому рівні. Основним документом, яким регулюються відносини з використання й охорони природних вод, є Водний Кодекс (ухвалений Верховною Радою України 1995 року). Відповідно до Водного Кодексу та для його реалізації розробляють підзаконні акти. Зокрема, в Україні відповідно до «Основних напрямків державної політики України в галузі охорони довкілля, використання природних ресурсів та забезпечення екологічної безпеки» до пріоритетних напрямків належить поліпшення екологічного стану басейну Дніпра та якості питної води, запобігання забрудненню Чорного й Азовського морів.
Стратегічні напрями в галузі захисту та відтворення морського довкілля відображені в Конвенції про захист Чорного моря від забруднень. Конвенція підписана Україною 1992 року й ратифікована 1994 року. Поміж позитивних чинників, що сприяють оздоровленню морського довкілля, є прибережні об'єкти природно-заповідного фонду. Лише на морському узбережжі України створено 7 природних заповідників, один національний природний парк, 35 природних заказників тощо, що становить близько 15% його площі.