11 травня 1944 року було прийнято цілком таємну постанову Державного комітету оборони № 5859сс «Про кримських татар». У ній наводилися претензії до кримськотатарського населення – начебто масове зрадництво та масовий колабораціонізм, які стали обґрунтуванням депортації. Насправді жодних доказів «масового дезертирства» кримських татар не існує, а абсолютна більшість колабораціоністів загинула в боях чи була засуджена в індивідуальному порядку.
Депортація кримськотатарського населення розпочалася о 3-й годині ранку 18 травня 1944 року і завершилася в основному 20 травня. До операції було залучено 32 тис. співробітників НКВС. Депортованим давалося на збори від кількох хвилин до півгодини, дозволялося брати з собою особисті речі, посуд, побутовий інвентар та провізію в розрахунку до 500 кг на родину.
У реальності ж вдавалося зібрати в середньому 20-30 кг речей та продуктів, абсолютна більшість майна залишалася і була конфіскована державою. Зафіксовано численні випадки мародерства. Протягом 2 днів кримських татар звозили машинами до залізничних станцій Бахчисарая, Джанкоя та Сімферополя, звідки ешелонами відправляли на схід.