Разом з ним в Алупці три дні гостював Герой Радянського Союзу Павло Головачов. Під час перебування у батьків Амет-Хан довідався, що його брата Імрана звинувачено у «пособництві окупантам» і арештовано. Саме на час перебування льотчиків у Алупці припала операція НКВС з примусової депортації кримських татар. НКВСівці хотіли забрати і матір льотчика Насібу, за яку вступився син. Невідомо чим би закінчився конфлікт, якби не втручання Головачова
Указом Президії Верховної Ради СРСР від 30 червня 1945 року «за проявлену хоробрість і героїзм у боротьбі з німецько-фашистськими загарбниками, за успішне проведення 603 бойових вильотів, збиті особисто 30 літаків противника різних типів і 19 літаків, збитих в групових боях» помічник командира 9 гвап з повітряно-стрілецької служби гвардії майор авіації Амет-Хан Султан вдруге удостоєний звання Героя Радянського Союзу та нагороджений другою медаллю «Золота Зірка». Усього за чотири роки війни Амет-Хан отримав п'ятнадцять бойових нагород, у тому числі дві Золоті Зірки Героя Радянського Союзу, три ордени Леніна, чотири ордени Червоного Прапора, орден Олександра Невського орден Вітчизняної війни I ступеня, орден Червоної Зірки, чотири медалі
Після закінчення війни за розпорядженням Сталіна усі льотчики-аси були направлені на навчання до військових академій. З серпня 1945 року Амет-Хан Султан — слухач Військової академії командно-штурманського складу в Моніно. Однак навчання давалося йому дуже важко через брак базової освіти. Амет-Хан подав рапорт начальнику академії з проханням про відрахування. «Тверезо зважуючи рівень своїх знань, — писав він у рапорті, — не бачу можливості подальшого навчання. Тому прошу відрахувати мене з академії». Його рапорт задовольнили, і в квітні 1946 року Амет-Хан Султан був звільнений у запас.
У важку для свого народу годину Амет-Хан не відмовлявся від нього і не приховував свій кровний зв'язок з кримськими татарами. Урешті-решт, завдяки допомозі бойових друзів Олександра Покришкіна та Володимира Лавриненкова і черговому заступництву Тимофія Хрюкіна, на той час — заступника Головнокомандувача ВПС, у лютому 1947 року Амет-Хан Султан стає льотчиком-випробувачем Льотно-дослідницького інституту МАП.