Дезактивація води в залежності від обстановки, характеру і ступеня її зараження проводиться чотирма способами: випарюванням (перегонка), фільтруванням, коагулюванням, відстоюванням.
Найбільш складною є дезактивація вододжерел. Шахтні колодязі дезактивуються очищенням їх від дна зараженого мулу, піску, трави, і багаторазової відкачуванням води.
Дезактівіруя джерело, з його бічній поверхні знімають шар грунту завтовшки 5-10 див Місцевість навколо колодязів та джерел дезактивується в радіусі 15-20 м.
Знезараження сировини, води, напівфабрикатів і готової продукції передбачає їх повне або часткове звільнення від радіоактивних, хімічних, біологічних речовин.
Повне очищення від отруйних та інших шкідливих речовин слід проводити відносно води і готової продукції, призначених для вживання населенням і для корму тваринам.