Ці події засвідчили, що ідея об’єднання християнського світу під духовною і світською владою пап не відповідала реаліям часу, бо в житті Європи почали відігравати роль державні інтереси. Ідею універсальної держави, що об’єднувала всіх, заступила ідея національної держави, що об’єднувала людей тільки за певною ознакою: на той час це було підданство якомусь королеві.
Однією з найбільш відомих і поширених єресей було вчення катарів (“чистих”), яких ще називали альбігойцями за назвою міста Альбі — центру розповсюдження єресі. Це вчення поширилося на півдні Франції у XII – XIII ст. Катари вчили, що земля і порядки на ній є не божим творінням, а породжені дияволом. Вони вчили, що людина повинна порвати з земним світом і лише тоді зможе врятувати свою душу. Катари створили велику церкву, яка була ворожою Римській. Вони вели суворий спосіб життя і готові були прийняти мученицьку смерть заради своєї віри.
Приблизно тоді ж виникла інша єресь — вальденсів. Легендарний засновник учення П’єр Вальдо — багатий монський купець, зворушений сторінками Біблії, де йшлося про “святу бідність”, — роздав своє майно бідним і зі своїми учнями став проповідувати Євангеліє. Вальденси поділялися на “досконалих”, які поривали всі зв’язки з зовнішнім світом і вчили своїх прихильників наслідувати Христа, і “братів”, яким дозволялося працювати. Катари і вальденси заперечували необхідність існування церковної ієрархії та закликали до створення релігійних громад, що існували за часів Христа і його учнів-апостолів. Заклик до створення “бідної церкви” був близьким для тих, хто прагнув “дешевої” церкви і незалежності від пап. Переслідування вальденсів і катарів не могло зупинити поширення єресі Європою. Тоді папа Інокентій ІІІ закликав усіх християн до хрестового походу проти земель, “заражених єрессю”.
Боротьба проти єретиків була вигідна французькому королю, який прагнув, після об’єднання під своєю владою півночі Франції, приєднати багатий південь. Хрестові походи проти єретиків на півдні Франції дістали назву Альбігойських війн (1209 – 1229 рр.). Папи розуміли, що переможені єресі можуть легко відновитися. Для боротьби з ними було вжито серйозних заходів. Усім мирянам було заборонено мати, читати і навіть більше — тлумачити Біблію. Тільки люди, що здобули церковну освіту, могли це робити. Отож, чільна книга християнства стала ще більш недоступною для більшості християн.
У єпископствах створювалися спеціальні постійні комісії, які повинні були розслідувати будь-які прояви єресі, допитувати і засуджувати єретиків. За цими комісіями згодом закріпилася назва інквізиційних трибуналів (від лат. inquisitio — розслідування). Інквізиторам дозволялося застосовувати тортури, щоб домогтися від єретиків визнання у найстрашніших гріхах, після чого їх привселюдно спалювали на вогнищі. Але від багатьох єретиків неможливо було домогтися покаяння навіть під тортурами. Релігійні переконання як католиків, так і єретиків вирізнялися фанатизмом: люди були абсолютно переконані в тому, що тільки їх віра є правильною, тому єретики були готові йти у вогонь, а інквізитори були переконані у правоті вироку. Попри всі зусилля церкви, викорінити єресі вона не спромоглася. Єретики стали обережнішими і ще більше переконаними у своїй правоті.
Орден францисканців суттєво відрізнявся від усіх чернечих орденів, що існували на той час. Так, вони дійсно жили в євангельській бідності, не усамітнювались у тиші за стінами монастирів, а йшли до народу, несли до нього Слово Боже. Францисканці не були самітниками і з любов’ю ставилися до навколишнього світу, як до прекрасного творіння Бога. В ордені всі були рівними. Францисканці створили новий вид чернецтва. Монахи-жебраки швидко здобули авторитет серед простого народу. Поява нового ордену поставила проблему перед папою: визнати його чи оголосити монахів єретиками. Папа Інокентій III збагнув, що новий орден може стати опорою папства і посилить авторитет католицизму. Поступово, як і інші ордени, францисканці нажили майно, побудували монастирі. В останні роки свого життя Франциск відмовився від керівництва орденом.
Братство ченців спеціально для боротьби проти єретичних учень. На відміну від францисканців, домініканці велику увагу приділяли вивченню Святого Письма. Монахи-домініканці славилися своєю вченістю, часто обіймали кафедри в кращих університетах. Найвидатніші богослови Середньовіччя Альберт Великий і Фома Аквінський були домініканцями. Найбільш підготовлені для диспутів із єретиками, домініканці відігравали головну роль у трибуналах, проводячи допит і здійснюючи суд над єретиками. Домініканці прагнули якнайдалі розповсюдити католицьку віру, їх проповідники вже наприкінці XIII ст. читали свої проповіді в Китаї та будували там храми.
«Авіньйонський полон»конфлікт між папою Боніфацієм VIII та французьким королем Філіппом IVЙого наступник, Климент V, переніс папську резиденцію до міста Авіньйон, яке, хоч і належало Неаполітанському королівству, з усіх боків було оточене володіннями французького короля. Так папська влада на 70 років потрапила під французький вплив.
Велика схизма (1378-1417). Після повернення у 1378 до Рима папського престолу Григорієм XІ його наступником став Урбан VI. Проте останній настільки зловживав владою, що його скинули кардинали, які обрали новим папою Климента VII. Але Урбан VI відмовився підкоритися, через що на папському престолі опинилося аж два (а іноді й три) папи: один був у Римі, інший – в Авіньйоні. У 1417 р. загальновизнаним папою став Мартін V.
Розбрат у церкві примусив задуматися, чи правильним шляхом йшло суспільство до Бога. Знову спалахнули рухи єретиків. Найсильніший рух за оновлення церкви вибухнув у Чехії. Ідеологом його став Ян Гус, згодом спалений як єретик за рішенням собору в Констанці. Від його імені рух, що збурював Центральну Європу декілька десятиліть, дістав назву гуситського.