Чортомлицька Січ була оточена глибоким ровом та 13-метровим валом, оснащеним баштами з бійницями й високими дубовими палями. У центрі козацької твердині знаходився великий майдан, навколо якого були побудовані курені й помешкання старшини Макет майбутнього історико-культурного комплексу «Чортомлицька Січ»
За роки національно-визвольної війни на Січі теж відбулися певні зміни. Запорожці об’єднувалися в курені — військові та адміністративно-господарські одиниці. До них входили також юнаки й хлопчики, які готувалися стати козаками,— молодики і джури. Очолював курінь отаман. Його обирали козаки куреня. Під час воєнних походів із курінних козаків формувалися полки й сотні, обирали полковників і сотників. Об’єднання запорозьких козаків в одну організацію називалося Запорозьким кошем (Запорозькою Січчю). Її очолював кошовий отаман. Курінні отамани разом із кошовим управляли Січчю. В умовах майже постійних бойових дій їхня роль зростала. Навіть з’явилася посада кошового гетьмана.
На Запорозькій Січі дотримувалися традицій козацької демократії і соціальної рівності. Діяли козацькі ради. На них, зокрема, запорожці розподіляли угіддя між куренями, обирали кошового, писаря, суддю, осавулів та інших старшин. Тривала війна й негаразди сприяли напливу охочих долучитися до «братства» запорожців. Переважно це були знедолені й ображені люди, які гостро реагували на будь-які утиски й обмеження прав і свобод. Це перетворювало Січ на небезпечного противника.
Основу господарства Запорожжя складало скотарство. Ним займалися насамперед у зимівниках — хутірських господарствах, де взимку утримувалася худоба. Переважно розводили велику рогату худобу, коней та овець. Землеробство було нерозвинене через постійну воєнну загрозу й відсутність великої кількості робочих рук. До того ж запорожці, які зверхньо ставилися до селян, вважали, що землеробство не є гідним для них заняттям.
Після створення Української козацької держави Запорозька Січ підпорядковувалася владі гетьмана, хоча й зберігала певну автономію у внутрішньому житті. Проте запорозька старшина прагнула відігравати самостійну роль у політичному житті козацької України. Це послаблювало владу гетьмана, дестабілізувало ситуацію в державі. Розуміючи це, Б. Хмельницький і його наступники іноді силою придушували антигетьманські виступи запорожців. Після смерті Б. Хмельницького Запорожжя виокремилося в державне утворення, яке лише формально підпорядковувалося гетьману, проводячи самостійну внутрішню і зовнішню політику. Вона часто йшла врозріз із політикою гетьманів.
Приклад – Повстання Пушкаря і Барабаша Протистояння між гетьманами та запорозькою старшиною було вигідне царському уряду. Зокрема, за гетьманування І. Виговського звернення кошового отамана Якова Барабаша до Москви з проханням про допомогу дало старшині зайвий привід до втручання у внутрішні справи козацької України. Оскільки запорожці виступали за обмеження гетьманської влади, то царський уряд охоче підтримував їх у конфліктах. Завдяки допомозі запорожців і сприянню Москви, як ви вже знаєте, здобув гетьманську булаву відомий своїми промосковськими настроями отаман Січі І. Брюховецький.
Після укладення Андрусівського перемир’я 1667 р. Запорозька Січ перебувала під контролем Речі Посполитої та Московської держави, а фактично здійснювала самостійну політику, керуючись лише власними інтересами. За «Вічним миром» 1686 р. Січ підпорядковувалася лише московському царю. Саме від цього часу були заборонені будь-які відносини запорожців із Польщею та Кримським ханством, а для контролю над козаками на запорозьких землях збудували фортеці, де розміщувалися московські залоги.
Одним із найвідоміших отаманів Запорозької Січі другої половини XVII ст. був Іван Сірко (початок XVII ст. — 1680 р.). Прикметним є те, що запорожці обирали його кошовим щонайменше 15 разів. Він був видатним полководцем, який здійснив понад 60 переможних битв проти Туреччини, Кримського ханства і ногайських орд. Вважається, що під його керівництвом запорожці звільнили понад 100 тис. бранців.
Уперше письмові джерела згадують про діяльність цієї видатної особи в 1653 році. Протягом Національно-визвольної війни брав активну участь у боях, а після смерті Б. Хмельницького, у 1658 – 1660 p.p., очолював Вінницький полк. Перебуваючи на посаді вінницького полковника, 1659 року активно виступив проти політики гетьмана І. Виговського: організував військовий похід на Акерман, у результаті якого українсько-польсько-татарська коаліція, спрямована проти Московського царства, розпалася, що не дало можливості гетьману І. Виговському скористатися наслідками перемоги під Конотопом для зміцнення державності України. Спочатку підтримував політику Ю. Хмельницького, але після підписання 1660 року Слободищенського трактату виступив проти гетьмана. У 1660 – 1661 p.p. брав участь у походах запорізьких козаків на Крим, а 1663 року І. Сірка обрали кошовим отаманом, і до 1670 року він обирався на цю посаду вісім разів.
Польський хроніст В. Коховський про І. Сірка Страшний був орді, бо був досвідченим у воєнних акціях і відважним кавалером. А в Криму його ім’я наводило такий пострах, що орда щоденно пильнувала та була готова до бою, ніби Сірко вже напав. Татари цілком серйозно вважали його шайтаном і навіть своїх дітей, коли вони плакали і їх не могли заспокоїти, лякали Сірком, кажучи: «Сірко йде». Сірко був чоловіком гожим, бойової вдачі, не боявся ані сльоти, ані морозу, ані спеки. Він був чуйним, обережним, терпляче зносив голод, був рішучим у воєнних небезпеках і завжди тверезим. Влітку він перебував на порогах [Дніпровських], а взимку — на українському порубіжжі. Він не любив марнувати час або впадати коло жіноцтва, постійно бився з татарами, проти яких мав природну ненависть. На обличчі він мав природний знак, ніби шмат пурпуру.
У 1660—1680 pp. дванадцять разів його обирали Кошовим отаманом. 1664 — Поселився з родиною під Харковом, за дві версти від Мерефи. Обрано на посаду полковника Харківського полку (1664—1665, 1667) Як політик часто міняв орієнтацію. Виступав проти Івана Виговського, Юрія Хмельницького (якого колись підтримував проти Виговського) й Павла Тетері, яким закидав їх пропольську політику; однак, у цей же період був противником Москви. Після Андрусівського договору 1667 зайняв виразно антимосковську (й разом з тим антипольську) позицію. Не зважаючи на свою ворожість до турецько-татарського світу, довгий час підтримував гетьмана Петра Дорошенка, з яким потім розійшовся. Мав великі зв'язки і впливи на Лівобережній і Слобідській Україні, на якій посідав маєток; якийсь час був полковником (титулярним) ніжинським (від Дорошенка) і харківським.
1672 претендував на гетьманську булаву, що посварило його з новим гетьманом Іваном Самойловичем і московським урядом, який заслав його до Тобольську (мабуть, головно за підтримку Дорошенка й зв'язки з Степаном Разіном). По поверненні з московскької неволі (1673) до кінця життя лишився противником Москви і Самойловича, обстоюючи насамперед автономні інтереси Запоріжжя й в ім'я їх встановлюючи зв'язки то з Польщею, то навіть з Туреччиною і Кримом. 1675 року здійснив блискучий похід, заблокувавши вторгнення Туреччини на Чигирин, розбив кримську орду і яничарів Ібрагім-паші, які вдерлися на Україну.
Під час Чигиринських походів 1677 і 1678 рр. кошовий боровся проти турецько-татарських військ і загонів Ю. Хмельницького. Свій останній похід проти турків Сірко здійснив на початку 1679 р., коли вщент зруйнував фортеці, що перешкоджали виходу козацьким чайкам із Дніпра в Чорне море. За ці зухвалі дії султан відправив велике військо на приборкання козаків. Проте дізнавшись, що козаки підготувалися до оборони й чекають на них, турки швидко повернули назад. Це була остання перемога І. Сірка. Влітку 1680 р. кошовий І. Сірко, що був уже в похилому віці, занедужав і незабаром помер у своєму хуторі Грушівка (тепер Іллінка Томаківського району Дніпропетровської області).