В період монголо-татарської навали на наступні століття печерний монастир, очевидно, був закритий і не діяв. І лише в середині ХVІІ ст., коли розпочинається відродження України, на кошти старшого сотника Чернігівського полку Степана Подобайла та зусиллями ієромонаха Зосима Тишевича відновлюється древній Богородичний монастир, ремонтується Іллінська церква.
В 1960 році під час розкопок цього місця учасники археологічної експедиції помітили незвичайні дивні речі - вони відчували запах ладану, чули звуки невідомого походження. А біля келії святого Антонія в глибині печер один археолог побачив силует прозорої фігури в чорній рясі. З того часу цю фігуру, яка іноді і сьогодні з'являється в печерах, називають «Чорним ченцем».
Святим місцем підземного монастиря є келія ченця Святого Антонія, біля якої виявлене джерело якоїсь енергії, невідомої науці. Припускають, що на цьому місці знаходиться метеорит, який впав ще в давні часи. Цікаві явища відбуваються в коридорах підземної церкви Миколи Святоші. Іноді з'являється газоподібне хмара білого кольору. На темному тлі формуються різні фігури, які нагадують людські фігури в рясі, особа з бородою. При цьому можна відчути запах аміаку. Газ піднімається до ліхтаря і починають формуватися різні образи.
З часом печера перетворилася в підземний монастирський комплекс з церквами і келіями, де селилися ченці. Існує багато легенд про ці печери і ченців. Одна з них розповідає про те, як в 12 столітті на місто напали татари. Вони кинулися переслідувати ченців в печерах, але так і не знайшли їх, адже ченці зникли безслідно.